南京军区南京总医院肾脏病学科成立于1978年，在全国起步较早，是创建中华肾脏病学会的发起单位之一。1986年成为全军第一个肾脏病医学专科中心，发起组建了解放军肾脏病专业委员会并担任组长单位。1993年被批准为首个全军肾脏病研究所，1997年被确认为全军肾脏病重点实验室，并与美国Johns Hopkins大学医学院和Brown大学医学院建立姊妹单位。2000年被列为全军“重中之重”学科，2001年被确立为江苏省医学重点学科和重点实验室。
在学科带头人黎磊石院士的领导下，以开拓创新，锐意进取的精神，努力培养专业队伍，积极开展新技术、新疗法的研究，形成了临床紧密结合基础、医教研全面发展，具有广泛国际间合作和全方位系统治疗肾脏病的优势和特色。它将肾脏病临床、专病门诊、血液净化、肾移植和实验研究有机地整合为一体，无论是其规模、设备装置、综合实力、人才梯队，还是国际影响都是全国本专业最具有特色的肾脏病临床治疗和研究中心之一。在2008年全国“患者心目中最值得信赖的肾内科”网上投票活动中，南京解放军肾脏病研究所位居榜首。
血液净化中心 血液净化中心目前已有25年历史，拥有国际先进的现代化血液透析设备100多台，是亚太地区规模大、透析质量好的中心之一。已形成以常规透析为基础、各种最新血液净化技术快速发展的格局，中心特色鲜明。
器官移植中心 肾移植中心成立于1994年，经过十余年的发展，已经开展肾移植手术1400余次，目前展开床位44张，并逐步形成了自己的特色。
腹膜透析中心 腹透中心是国内最早从事腹透的单位之一。在国际上首先开展氨基酸营养性腹膜透析、设计出国人标准化腹膜透析剂量模型以及保护残余肾功能方案。现有300多位腹透患者定期随访，其中最长者已达14年。
肾活检诊断中心 为了解决 “看病难、看病贵”的问题，研究所在国内首创门诊常规肾活检。患者不需住院，只在门诊留观1天，减少医疗费用50%以上。目前已有360余例患者进行了门诊肾活检，成功率100％，无1例发生严重并发症。
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